Mặc dù việc đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm đã được đề cao nhưng ngành vẫn gặp không ít những khó khăn. Dưới đây là một số thách thức phổ biến mà các doanh nghiệp trong ngành công nghiệp thực phẩm thường phải đối mặt và cần chú ý:

Khó quản lý chuỗi cung ứng

     Trong suất ăn công nghiệp cần nhập hàng từ rất nhiều nhà cung cấp, do đó việc kiểm soát chất lượng của từng nhà cũng là điều vô cùng phức tạp. Thực phẩm được thu mua từ nhiều nguồn khác nhau trước khi được đưa đến bếp ăn, do đó việc truy xuất nguồn gốc từng sản phẩm rất quan trọng. Do đó, quản lý chuỗi cung ứng thực phẩm để đảm bảo rằng nguyên liệu đầu vào đáp ứng các tiêu chuẩn an toàn và chất lượng. Hiện nay, Hoàng Anh Tú nhập hàng từ các nhà cung cấp uy tín, có giấy tờ đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm và luôn truy xuất nguồn gốc của thực phẩm. Vì thế, các suất ăn đến tay khách hàng luôn đảm bảo chất lượng cao nhất.

Nâng cao ý thức người lao động

     Nhân viên trước khi vào bếp cần được huấn luyện và đào tạo nghiệp vụ để đảm bảo vệ sinh an toàn trong bếp. Đôi khi nhân viên bếp sẽ không chấp hành đúng quy định như: Thiếu gang tay, mũ hay khẩu trang... Những trường hợp như vậy cần được xử lý nghiêm, tránh vi phạm trong lần tới. Đồng thời, yêu cầu nhân viên bếp vệ sinh thường xuyên các dụng cụ chế biến thức ăn và tủ bảo quản, tủ lưu trữ gia vị... luôn sạch sẽ, tránh bị các côn trùng gây hư hại.

Mức chi phí vệ sinh chưa phù hợp

     Trong môi trường kinh doanh cạnh tranh, áp lực để giảm chi phí sản xuất và phục vụ suất ăn có thể dẫn đến việc cắt giảm gói vệ sinh và an toàn thực phẩm. Điều này có thể gây ra nguy cơ cho vệ sinh an toàn thực phẩm.